Музей основан 18 мая 1961 года как самостоятельное подразделение в структуре Института геологии Карельского научного центра. Основу музейной коллекции составили полевые образцы геологов института и других организаций, работающих на территории Карелии.
Общее число единиц хранения – 3500 предметов.
Общая площадь музея – 180 м2.
Основные темы экспозиции:
· история геологического изучения Карелии;
· минералогия;
· полезные ископаемые;
· строматолиты мира;
· петрография изверженных пород;
· цветные металлы;
· шунгитовые породы;
· каменное литье.
В музее имеются эталонные коллекции горных пород и петрографических шлифов.
Сотрудники музея ведут большую научно-просветительскую работу, участвуют в программах местного телевидения и радио. Ежегодно проводится около 250 музейных и полевых экскурсий, для школьников организованы факультативные занятия по геологии. Посещение музея геологии докембрия рекомендуется международным справочником «Russia. Ukraine. Belarus» (Австралия, 1996 г.).